Mohcen - DBA HTML
Ref : 161028B002-
93130 NOISY LE SEC
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DBA, Développeur, Ingénieur système (38 ans)
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Freelance
Expériences professionnelles
Depuis juin 2015 Ingénieur d'étude CNRS : IPBC-Campus Curie (Paris)
Dans une équipe de recherche sur le cancer, le thème de recherche porte sur le télomère (Bout d’ADN se trouvant sur l’extrémité des chromosomes), Les télomères raccourcissent avec l’âge et sont reponsables de maintenir l'équilibre entre le vieillissement cellulaire et le risque de cancers.
Missions:
Développement d’un logiciel d'analyse cellulaire permettant de suivre les divisions cellulaires.
Environnement technique : Matlab , perl, GIT.
De mars 2012 au mai 2015 : ingénieur d'étude, PPF Bioinformatique (Lille)
Le PPF Bio-informatique est une action structurante de l'Université Lille 1 destinée à promouvoir la recherche en bio-informatique et ses applications à travers des projets de recherche, la prise en charge de formations ainsi que l'organisation d'actions d’animation scientifique. J'étais hébergé au CRIStAL (Centre de Recherche en Informatique, Signal et automatique de Lille) et à l'Inria Lille. Au sein du PPF, j'étais au service de différents laboratoires et j'ai réalisé les 6 projets suivants.
Projet 1 : Pipeline de précurseur de miRNAs chez les plantes
Laboratoire SADV (Stress abiotiques et différenciation des végétaux) – 12 mois
Mirkwood (********/) est une application dédiée aux miARNs de plantes. Ellle identifie d'abord les précurseurs miARN potentiels sur la base de la structure secondaire (tige boucle), puis affine ce résultat grâce à une variété de fonctions complémentaires supplémentaires qui apportent de nouvelles preuves à la prédiction.
Missions
Conception du pipeline.
Test et intégration de différents programmes (Blast, exonerate, RNAFold, RANDFold, …).
Développement et tests des scripts de calcul.
Développement de l'interface graphique et l'affichage des résultats.
Environnement technique : CGI en Perl, JAVASCRIPT, AJAX, SVN, XHTML, CSS et Shell.
Projet 2 : Norine (Database of nonribosomal peptides)
Laboratoires LIFL et PROBIOGEM – 4 mois
Norine (********/) est une base de données de peptides non-ribosomaux ainsi que des outils pour leur analyse. Norine contient actuellement plus de 1 000 peptides.
Missions
Amélioration du logiciel.
Intégration des scripts de recherche à l'application.
Développement d'outils pour extraire les domaines protéiques en se basant sur les HMMs.
Environnement technique : framework Struts2, JAVA, Postgres, Javascript et CSS.
Projet 3 : Base de données de Glycosyltransferase et interface graphique
Laboratoire UGSF (Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle) – 24 mois
La base de données contient les enzymes de Glycosyltransférase (~ 1200 séquences). Les séquences sont classifiées selon leur critères (famille, espèce, Acc genbank). La base interagit avec plusieurs modules afin de mieux analyser les séquences (Blast, séquence logo, hmmer).
Missions
Développement et conception de la base de données et de l'interface graphique.
Réflexion sur l’organisation et le stockage des séquences.
Développement des scripts (traitement des séquences ) et de parsage des fichiers et remplissage automatique de la base.
Interaction avec des logiciels d'alignement (Blast), de prédiction de motif (Hmmer) et de visualisation des motifs (sequence logo).
Représentation des alignements.
Environnement technique: framework CodeIgniter (PHP), Bioperl, MySQL, JS, Ajax, SHELL.
Projet 4 : Outil de calcul de données physico-chmiques de peptides
Laboratoire PROBIOGEM – 6 mois
L'application permet de calculer les propriétés physico-chimiques des peptides (masse moléculaire, hydrophobie, point isoelectrique, etc.).
Missions
Développement de l'interface et des scripts de calcul.
Affichage des résultats (tableaux, CSV).
Courbes interactives pour le suivi en temps-réel de la charge selon le pH).
Environnement technique : PHP, Python, Biopython, Javascript, jQuery, highcharts.
Projet 5 : Exploitation de données de transcriptomes de chicorée
Laboratoire SADV – 3 mois
Pipeline d'automatisation de l'assemblage de novo.
Missions
Évaluation de logiciels d’assemblage de novo des lectures Illumina (Trinity, ABYSS...).
Développement du pipeline en ligne de commande : nettoyage, contrôle de la qualité, assembleur, qualité d’assemblage (Quast), Mapper (Bowtie)
Environnement technique: Perl, Bash, SHELL.
Projet 6 : Amélioration et développement du logiciel NrpsPrimer
Laboratoire : PROBIOGEM – 6 mois
Outil de prédiction des amorces PCR à partir des domaines NRPS conservés (********/)
Missions
Réflexion sur l'architecture du projet, développement des scripts de calcul et de l'interface.
Découpage en domaines (HMMER).
Utilisation d'une librairie Javascript pour la visualisation et l'alignement de séquences.
Intégration de Blast.
Critères de sélection (GC %, fin amorce, etc.).
Environnement technique : PHP, Javascript, SHELL, Bioperl
2011 : Stage M2 fin d'étude (6 mois)
Entreprise Tela-Botanica (Montpellier)
Réalisation d'un service Web fournissant un nom de commune et son INSEE d'une observation botanique à partir d'un point latitude/longitude, en tenant compte des limites administratives réelles des communes de France (OpenStreetMap). (********.php?wiki=AppliCartoOsm)
Missions :
Réalisation d'un cahier des charges.
Recherche d'une solution afin d’intégrer les données d’OSM pour les exploiter.
Réalisation d'une solution simple d’une mise à jour régulière des nouvelles données.
Développement d'un service Web PHP permettant de géolocaliser l'observation botanique
Environnement technique : MySQL, PHP, FrameWork Tela-Botanica, REST, CLI, bash,SVN.
2010 : Stage M1 (3 mois)
LIRMM (Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microétectronique de Montpellier)
Conception d'une application Web gérant une base de données des nouveaux domaines protéiques (********/)
2009 : Stage M1 de recherche (3 mois)
Laboratoire Génome et Développement des Plantes à l'Université de Perpignan.
Au sein d'une équipe de Bioinformatique et de Génomique Comparative. Le travail avait porté sur l'évolution d'une région génomique dupliquée entre les chromosomes 11 et 12 du riz. J'ai réalisé des PCR, du clonage, de la purification, du séquençage, de l'analyse des gènes et de la phylogénie.
Compétences
Programmation Java, Scripts Shell, Perl, système Unix, Flash, Actionscript, Matlab
Réseaux, environnements Apache, Tomcat, NetBeans, Eclipse
Systèmes GNU/Linux (Debian), Windows
Bases de données MySQL, Postgres Oracle, MyGis
Web J2EE, Struts2, Standards du W3C, HTML, XHTML, PHP, CSS, Javascript, AJAX, CodeIgniter, Symfony
Divers Gimp, UML, LaTeX
Formation
2009 à 2011 Master 1 & 2 Intégration des compétences, parcours Bioinformatique Université de Montpellier 2
2008 à 2009 Master 1 Recherche DINEV, génome et développement des plantes Université de Perpignan
2003 à 2007 Diplôme d'Etude supérieur (DES), biologie moléculaire et cellulaire Parcours génétique, université de Constantine
2003 Baccalauréat série Sciences de la vie
Compétences en Informatique
Programmation Java, Scripts Shell, Perl, système Unix, Flash, Actionscript, Matlab
Réseaux, environnements Apache, Tomcat, NetBeans, Eclipse
Systèmes GNU/Linux (Debian), Windows
Bases de données MySQL, Postgres Oracle, MyGis
Web J2EE, Struts2, Standards du W3C, HTML, XHTML, PHP, CSS, Javascript, AJAX, CodeIgniter, Symfony
Divers Gimp, UML, LaTeX
Compétences en Biologie
Biologie moléculaire et cellulaire.
Techniques biologiques : PCR, clonage, transformation, séquençage.
Compétences en Bioinformatique
Recherche de similarités, fouilles de données
Analyse, comparaison, alignement de séquence, phylogénie
Annotation fonctionnelle, Assemblage
Compétences Complémentaires
Relationnel Faculté d'adaptation. Expérience du travail d'équipe. Gestion de projets
Langues
Français,
Anglais,
Arabe